Pri vydaní povolenia na vypúšťanie vôd z čistiarne sa tieto limitné hodnoty uvádzajú aj v rozhodnutí. Určuje ich úrad životného prostredia, stanovisko vydáva aj správca povodia, do ktorého sa vody vypúšťajú. Každý tok však vypúšťanie nemusí umožňovať.
Ak nie je k dispozícii žiadny tok na vypúšťanie, zostáva len vypustiť vyčistenú odpadovú vodu do podložia. Aj tu sú určené limitné hodnoty a pre vydanie povolenia na vypúšťanie do podzemných vôd treba doložiť odborný hydrogeologický posudok, ktorý hodnotí podložie v danej lokalite a hovorí o možných dôsledkoch na kvalitu podzemnej vody.
Po vlastnom čistení čistiarni sa odpadové vody majú ďalej dočistiť vo vsakovacom objekte, ktorý pozostáva z filtra, kde sa majú zachytiť nerozpustné častice. Zostávajúci objem vody sa voľne vsiakne do okolia, kde prebieha proces ďalšieho dočistenia. Voda z čistiarne sa nesmie priamo vypustiť do podzemných vôd.
